Multiploid APK

La vie telle que nous la connaissons continue de nous choquer et de nous étonner, nous rappelant constamment que la vérité est bien plus étrange que la fiction. Euplotide est un modèle géométrique quantifié de la cellule eucaryote, une première tentative de quantifier, en utilisant la forme géométrique constante de planck comme base, l'incroyable complexité qui donne naissance à une cellule vivante. En commençant par le bas, nous sommes capables de construire les pièces qui, lorsqu'elles sont combinées hiérarchiquement et combinatoire, produisent le comportement complexe émergent que même un organisme unicellulaire peut montrer. Euplotid est composé d'un ensemble de blocs de construction 3D géométriques quantifiés et de pipelines bioinformatiques en constante évolution encapsulés et exécutés dans des conteneurs Docker permettant à un utilisateur de construire et d'annoter la structure réglementaire locale de chaque gène à partir de lectures de séquençage brutes d'interactions ADN, d'accessibilité à la chromatine, et séquençage d'ARN. Les lectures sont quantifiées à l'aide des derniers outils de calcul et les résultats sont normalisés, dont la qualité est vérifiée et stockés. Le voisinage réglementaire local de chaque gène est construit à l'aide d'un algorithme de partitionnement de graphes basé sur Louvain paramétré par le modèle d'extrusion de chromatine et les interactions CTCF-CTCF. Les éléments Cis-Regulatory sont définis à l'aide de pics d'accessibilité à la chromatine qui sont ensuite mappés sur des sites de début de transcription en fonction de leur inclusion dans le même quartier. Les réseaux de neurones profonds sont formés afin de fournir un modèle statistique mimant la liaison du facteur de transcription, donnant la capacité d'identifier tous les TF dans un pic d'accessibilité à la chromatine donné. En mutant in silico et en réappliquant le réseau neuronal, nous sommes en mesure d'évaluer l'impact d'une mutation de transition sur la liaison de tout facteur de transcription. La sortie annotée peut être visualisée de différentes manières 1D, 2D, 3D et 4D superposées à des connaissances existantes, telles que les résultats GWAS ou les structures PDB. Une fois qu'une CRE d'intérêt particulière a été identifiée par un biologiste, la difficulté d'une mutation de transition médiée par l'éditeur de base peut être observée quantitativement et induite dans un organisme modèle