Multiploid APK

A vida como a conhecemos continuou a nos chocar e surpreender, lembrando-nos constantemente que a verdade é muito mais estranha que a ficção. Euplotid é um modelo geométrico quantificado da célula eucariótica, uma primeira tentativa de quantificação, usando a constante forma geométrica de Planck como base, a incrível complexidade que dá origem a uma célula viva. Começando do fundo, somos capazes de construir as peças que, quando combinadas hierarquicamente e combinatoriamente, produzem o comportamento complexo emergente que mesmo um único organismo celular pode mostrar. O Euplotid é composto por um conjunto de blocos de construção 3D geométricos quantizados e pipelines bioinformáticos em constante evolução encapsulados e em execução em contêineres Docker, permitindo que o usuário construa e anote a estrutura reguladora local de cada gene a partir de sequências brutas de leitura de interações de DNA, acessibilidade de cromatina, e sequenciação de RNA. As leituras são quantificadas usando as ferramentas computacionais mais recentes e os resultados são normalizados, com qualidade e armazenados. A vizinhança reguladora local de cada gene é construída usando um algoritmo de particionamento gráfico baseado em Louvain, parametrizado pelo modelo de extrusão de cromatina e interações CTCF-CTCF. Os elementos reguladores da CE são definidos usando picos de acessibilidade de cromatina, que são mapeados para os sites de início de transcrição com base na inclusão no mesmo bairro. As Redes Neurais Profundas são treinadas para fornecer um modelo estatístico que imita a ligação do fator de transcrição, permitindo identificar todos os TFs em um determinado pico de acessibilidade da cromatina. Com a mutação in-silico e a reaplicação da rede neural, somos capazes de medir o impacto de uma mutação de transição na ligação de qualquer fator de transcrição. A saída anotada pode ser visualizada de várias maneiras 1D, 2D, 3D e 4D, sobrepostas aos corpos de conhecimento existentes, como resultados do GWAS ou estruturas de PDB. Uma vez que um CRE específico de interesse tenha sido identificado por um biólogo, a dificuldade de uma mutação de transição mediada pelo Editor de Base pode ser quantitativamente observada e induzida em um organismo modelo