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O sistema aquapônico amplamente adaptado pelos agricultores hoje tem vantagens ou vantagens de outros sistemas de plantio. Em um sistema aquapônico, uma corrente de água rica em nutrientes derivados de meios de manutenção de peixes é usada para inundar e fornecer nutrientes para plantas hidropônicas. Isso tem um bom impacto tanto no peixe quanto nas culturas de plantas, pois as plantas obtêm os nutrientes das fezes do peixe, enquanto a água que retornará ao recipiente de armazenamento de peixe torna-se mais limpa. As fezes derivadas de fezes, urina e resíduos de alimentos para peixes são substâncias residuais que podem envenenar os peixes e podem causar contaminação se não forem removidas.
Assim, basicamente, o sistema aquapônico fornece fertilizante líquido derivado do estrume de peixe para cultivar plantas hidropônicamente e as plantas vice-versa e os meios hidropônicos são colocados na área da piscina também serve como um filtro natural ou biofiltro que pode limpar a água das impurezas O papel da biofiltração ou filtragem naturalmente, a água de sujeira é realizada pela bactéria nitrificante encontrada nas raízes das plantas e o meio hidropônico utilizado. Na ausência de tais bactérias, o nitrogênio e a amônia que são tóxicos para os peixes não podem ser filtrados e conseqüentemente não são bons para o crescimento do peixe.