Multiploid APK

لقد استمرت الحياة كما نعرفها في الصدمة وتدهشنا ، لتذكيرنا باستمرار بأن الحقيقة غريبة عن الخيال. Euplotid هو نموذج هندسي كمي للخلية حقيقية النواة ، وهي محاولة أولى لقياس الكمي ، باستخدام الشكل الهندسي الثابت لـ بلانك كقاعدة لها ، التعقيد المذهل الذي يؤدي إلى وجود خلية حية. من البداية من القاع ، يمكننا بناء القطع ، والتي عندما يتم دمجها بشكل هرمي ومتكامل ، فإنها تنتج السلوك المعقد الناشئ الذي يمكن أن يظهره كائن حي وحيد الخلية. يتكون Euplotid من مجموعة من اللبنات الهندسية ثلاثية الأبعاد الكميّة والأنابيب المتطورة باستمرار التي يتم تغليفها وتشغيلها في حاويات Docker ، مما يُمكّن المستخدم من بناء وتعليق الهيكل التنظيمي المحلي لكل الجينات بدءً من قراءات التسلسل الخام لتفاعلات الدنا ، وإمكانية الوصول إلى الكروماتين ، و RNA التسلسل. يتم تحديد عدد القراءات باستخدام أحدث الأدوات الحسابية ويتم تطبيع النتائج وتدقيقها وتخزينها. تم بناء الحي التنظيمي المحلي لكل الجينات باستخدام خوارزمية تقسيم الرسم البياني القائم لوفان المعلمة من قبل نموذج قذف الكروماتين والتفاعلات CTCF-CTCF. يتم تعريف عناصر Cis-Regulatory باستخدام قمم إمكانية الوصول إلى الكروماتين والتي يتم تعيينها بعد ذلك إلى مواقع بدء النسخ استنادًا إلى التضمين في نفس الحي. يتم تدريب الشبكات العصبية العميقة من أجل توفير نموذج إحصائي يحاكي عامل النسخ ، مما يعطي القدرة على تحديد جميع الصناديق ضمن ذروة وصول الكروماتين. عن طريق تحوير الشبكة العصبية وإعادة تطبيقها ، يمكننا قياس تأثير طفرة انتقالية على الارتباط بأي عامل نسخ. يمكن عرض المخرجات المشروحة بمجموعة متنوعة من الطرق 1D و 2D و 3D و 4D المتراكبة مع مجموعات المعرفة الحالية ، مثل نتائج GWAS أو هياكل PDB. بمجرد أن يتم تحديد CRE معينة من الاهتمام من قبل عالم الأحياء ، يمكن ملاحظة صعوبة حدوث طفرة انتقالية بوساطة محرر أساسي وتحفيزها في كائن نموذجي